Die Leitung, Grundsatzentscheidungen und die Gesamtverantwortung der Kirchengemeinde Oldenburg werden wahrgenommen durch den Gemeindekirchenrat. Er setzt sich zusammen aus den bei den Gemeindekirchenratswahlen von den Gemeindegliedern gewählten Kirchenältesten und tagt in der Regel monatlich. Co-Vorsitzende sind momentan die Pastorinnen Meike Melchinger und Anja Kramer, stellv. Vorsitzende ist Birgit Wehmschulte. Sie bereiten gemeinsam mit dem Kirchenvorstand die Sitzungen vor, stellen die Tagesordnung auf und laden ein. Die Sitzungen sind öffentlich.
Der Kirchenvorstand besteht aus fünf Kirchenältesten, den Vorsitzenden des Gemeindekirchenrats und der stellvertretenden Vorsitzenden des Gemeindekirchenrats.
Zur Förderung der Arbeit und zur inhaltlichen Vertiefung werden bevollmächtigte Ausschüsse gegründet:
Sie setzen sich aus je einer Kirchenälteste:n aus den Bezirken und einer Pfarrer:in zusammen:
Es gibt zeitlich befristete, projektbezogene Arbeitsgruppen.
Über alle Sitzungen liegen Protokolle vor.